Село Шишковци се намира в Кюстендилската котловина, на 6 км североизточно от Кюстендил, на жп линията София – Кюстендил. Климатът е умерен, преходно-континентален, със средиземноморско влияние. Зимата е къса и не много студена. Пролетта започва рано. Лятото е продължително, сухо и топло. Есента е слънчева и суха, хубавото време често се задържа до края на ноември.
Преди Освобождението Шишковци било почти изцяло чифлишко село, с десетина раетски къщи, които притежавали само около 5% от обработваемата земя. В селото турци не са живели, турците-чифликчии живеели в гр. Кюстендил. Селската земя била разпределена в 9 турски чифлика: Ефенджийския, Юсеинбеговия – собственост на Юсеин-бег Калканделията, Паланечкия – собственост на Мехмед-ага от Крива паланка, Близначкия – собственост на кюстендилския мюфтия, Трупевия – собственост на кюстендилските турци Едриз, Ибрахим и Зейнел, Османбеговия – собственост на Осман бег, Чибукчийския – собственост на Мустафа ага, потурчен българин от гр. Щип, Чучулигиния и Хаджиадемовия. След Освобождението местните селяни постепенно изкупили чифлишките земи от изселилите се турци.
През 1878 г. е открито начално училище, през 1922 г. основно училище, построена е нова училищна сграда (1935).
През 1900 г. се учредява първата в Кюстендилска околия Земеделска дружба с председател Андон Виячев.
През 1908 г. е основано шишковското народно читалище „Наука“, през 1920 г. – Кредитна кооперация „Лоза“.
Открита е жп спирка (1921), а по-късно – жп.гара Шишковци (1935).
През 1925 г. е създаден синдикат за напояване и отводняване на селата Шишковци, Раждавица, Перивол и Копиловци.
Селото е електрифицирано (1935) и водоснабдено (1960). През 1942 г. се създава поща.
