Селището е възникнало през средните векове като колибарска махала наречена „Могилици“ (колиби). През Османския период селото е наречено Тозбурун, което значи „прашна могила“. Предание говори, че селото получило името си от близкия хълм (борум) – западно от селото. Вечер, когато стадата от овце се връщали от паша и минавали покрай хълма, той преставал да се вижда от прах. Според османските регистри селото попада в Ахъчелебийската кааза (след 1838 г. във Филибелийската кааза), от Гюмюрджинския санджак, на Одринския вилает. Основен поминък на населението е било овцевъдство и земеделие. През XVIII в. от Беломорието са пренесени картофите. И днес хората тачат обичаите си. Празника на село Могилица е празникът на народните занаяти, които се провежда последната събота на юни. В османски поименен регистър от 1841 година се посочва, че от Могилица (Тозбурун) са постъпили в армията 5 войници, което е косвено доказателство, че по това време в селото са живели българи мюсюлмани.
Агушевите конациса най-известните архитектурни паметници в тази част на Родопите. Резиденцията е строена в периодите 1825-1842-1860-1872 г. от местния българо-мохамедански първенец Агуш Ага, за него и синовете му. Комплексът се състои от две сгради (конаци), всяка с отделен двор и кладенец и заемал близо 4 декара с имота. Ансамбълът е ограден с общ зид подобно на средновековните феодални жилища, а в югоизточния ъгъл на зидовете има каменна кула, наподобяваща морски фар (по-малкият от синовете на Агуш Ага бил морски офицер). Кулата е разположена откъм р. Арда и е изрисувана, като за мотиви са използвани самите Агушеви конаци и пейзажи от Родопите. Сградата имала 221 прозореца, 86 врати и 24 комина. Преди изграждането на днешните Агушеви конаци, по поръчение на Агуш Ага били изградени и два големи чифлика в близкото село Черешово,които днес са в руини. С годините наследниците на Агуш Ага обеднели и имението започнало да се руши. През 1948 година комунистическият режим в България национализира комплекса в Могилица и го дава на гранични войски, които го съсипват напълно. В края на 60-те години започнала мащабна реставрация и анасамбълът е спасен. Резиденцията станала етнографски музей, а стаите били възстановени в предишния им вид. През 1990 година наследници на Агуш Ага си възвръщат незаконно национализирания имот, които днес е отворен за посетители.
