Село Ботуня е разположено на левия бряг на р. Ботуня. То се намира на границата с област Монтана и е на почти еднакво разстояние от градовете Враца, Криводол, Вършец и Берковица. Граничи на изток с Главаци, на юг – със Стояново, на запад и север – със Сумер. Селото е застроено на площ 335 дка., жилищните сгради са 308, а парцелираните дворни места са 243. С постоянен адрес в селото са 173 жители, а временно пребиваващите са около 50 души. В землището на село Ботуня има няколко места, на които хората от селото правят оброци за здраве. На празника Малка Богородица, в местността „Свинарска могила“ се събират фамилиите Андровци, Пешуновци и Кънчовци. По стара традиция на Петровден жителите на селото празнуват в местността „Върха“. В деня на празника Св. Константин и Елена, хората от селото посещават местността „Могилата“, която се намира на 3000 м. северозападно от селото.