Основан е по време на Втората българска държава. За манастира, се съобщава в турски съдебен акт от 26 юни 1750 г., наричан „Световица или Стоица.“ В същия е отбелязано, че „когато страната ни е била завоювана от исляма, нашият манастир е служил за черковно-религиозен дом“. Следователно съществува отпреди турското поробване“. Функционира и по време на турското робство , когато е опожаряван няколко пъти. Посещаван е от множество чети на хайдути, както и от българския национал-революционер Васил Левски. През този период манастира в манастира достигат до 30 на брой, а обителта е била не само център на хайдутството, но и център на книжовна дейност, ръководена от Рилския манастир. За това дава сведение името на местността Дяк над Обесен камик, където в някогашната черква „Св. Дух“ дяци (дякони – черковни служители) преписвали стари черковни книги
В м. „Среброто“ е имало отбранителна кула с камбани, която при опастност от нападения е сигнализирала с цел защита на обителта. Възобновен е през 1924 година от дядо поп Теодоси Младжов, в сведение на ОИМ-Кюстендил. За възобновители се сочат и дупнишкото семейство помогнали за строителството в памет на сина им, загинал по време на Първата световна война. Иконите са поставени по времето на Екзарх Стефан 1927 година. В близост до Манастира е разположено аязмото, под самата речна тераса с вода, която лекува очебол. Според намерените стенописи, манастирът е издигнат през Втората българска държава и по-късно през турското робство е ограбван няколко пъти. През тежките векове поробените българи са намирали подкрепа и сила в светата обител. Развивала се е и голяма книжовна дейност като книгите са били преписвани по-високо в планината в „Свети Дух“. Съвсем близо е красивият връх Среброто. Според легендите точно на върха е имало малка камбанария, която ео гласяла цялата местност със своя звън и е била упора за българите по време на робството. Историците откриват турски свитък от 1750 година, който доказва че „Свети Стефан“ е съществувал още тогава и турците са го наричали Световница и Стоица. Тези названия се давало само на храмове и църкви на християните.
През 1925 година в манастира идва поп Теодосий Младжов от село Гюргево. Той се заем с възстановяването на светата обител като преклонение пред починалия си син, който умира по време на Първата световна война. Постепенно изгонените от социалистическата власт монаси започват да се връщат и дейностите закипяват с нова сила.
