Надморската височина на резервата е малка, затова голяма част от територията на Купена е заета от широколистни гори. Горите са най-вече от букови дървета. Характерни за резервата са смесените гори от черен бор и воден габър. Срещат се голям брой храсти – глог, шипка, дрян, люляк, леска и др.
От досегашните проучвания на дървесните видове са установени следните видове: Бял бор (Pinus sylvestris L.), Черен бор (Pinus nigra), Обикновена ела (Abies alba), Червена хвойна (Juniperus communis), Бук (Fagus sylvatica), Зимен дъб (Quercus sessiliflora), Едролистна липа (Tilia grandifolia), Клен (Acer campestre), Шестил (Acer platanoides), Явор (Acer pseudoplatanus), Мъждрян (Fraxinus ornus), Обикновен габър (Carpinus betulus), Келяв габър (Carpinus orientalis), Дива череша (Prurnus avium), Бреза (Betula alba), Трепетлика (Populus tremula), Бряст (Ulmus foliacea), Черна елша (Alnus glutinosa), Кукуч (Pistacia terebintus), обикновен воден габър (Ostrya carpinifolia).
Основния вид в ниските части е Зимния дъб от 400 m докъм 1000 m. Средната възраст на горите, които съставя, е около 60 – 70 години. Много интересни са съобществата, които образува зимния дъб с други видове – зимен дъб и бял бор, зимен дъб и бук, зимен дъб и габър и др., някои от които са много рядко срещани на други места в страната. В най-голяма степен това важи за зимнодъбово – бялборовите съобщества. Във високите части на резервата големи съобщества образува Букът. Горите му започват от 900 m до почти 1400 m. Средната възраст на горите му е около 80 – 140 години, но се срещат и 160 – 170 – годишни дървета. Буковите гори рядко са чисти. Най-често той образува смесени гори с други видове. Най-разпространенинте смесени гори са на бука с Белия бор. Други смесени съобщества бука образува с елата, зимния дъб, габъра и др. На второ място по разпространение в резервата са съобществата от Бял бор. Между 1100 и 1400 m. Интересна особеност на резервата са съобществата на Елата, които заемат трето място по големина и са разположени между 1100 и 1400 m. н.в. Съобщества образува и Черния бор в ниските и скалисти части.
