В хрисовула на Щефан II Кантакузин се споменава за грамоти дадени в по-ранно време от Матей I Басараб (1632 – 1654), Константин I Щербан Басараб (1654 – 1658), Раду XII Леон (1664 – 1669) и Константин II Брънковяну (1688 – 1714). В грамотата на Стефан Кантакузин от 1715 г. се подчертава, че манастирът е основан от цар Иван Шишман: „Като съхраняваме паметта за тези, които преди нас са били увенчани с господарство на този престол, както те даряваха и укрепваха божествените обители, така и ни е възжелахме от ревност към светите манастари и най-вече към светия и божествен манастир, наричан Шишман, който е основан и въздигнат из основи от покойния крал Шишман, и който манастир се намира отвъд Дунава, в Търновските планини, където е почитан и празнуван храмът на животворящата и неразделната Троица“.[1] По подобен начин са представени нещата в грамотата на Йоан Гика от 1768 г.: „Мое Господство имаше грижата и за светия и божествен манастир, наричан Шишман, който е построен от покойния крал Шишман, и който се намира отвъд Дунава, в Търновските планини, където е почитан и празнуван храмът на светата животворяща и неразделна Троица“.[2]
Църквата „Света Троица“ в Патриаршеския манастир
Престолът в църквата е стар езически жертвеник пренесен от стария римски град Никополис ад Иструм. Върху него има надпис, който гласи: „На Зевс Олимпийски, Хера и Атина, за победата и дългоденствието на императора Цезар Т. Елий Андриан Антонин...“.
В основите на една от църковните колони, където са окачени камбаните, е положен римски пограничен камък донесен от село Хотница. Той е поставен на границата между римските привинции Тракия и Мизия при император Адриан (117 – 138) със следния надпис: „По нареждане на божествения император цезар Адриан, син на божествения Траян, победителя на партите, внук на божествения Нерва, август, баща на отечеството, върховен жрец с трибунска власт за 20-и път, консул за 3-ти път, [...] Руфин постави границите между мизите и траките“.
Църквата е вдигната от Уста Кольо Фичето през 1846 – 1847 г., зографисана от Захарий Зограф от Самоков.
През 1913 г. силното земетресение в Търново разрушава и манастира, заедно с църквата. Впоследствие сградите и църквата са възстановени на същото място.
Храмът, построен от майстор Кольо Фичето, днес и твърде променен, тъй като след Освобождението са били добавени куполи, забранени за православните църкви по турско време. Църквата има кръстообразна форма, с три купола. По фасадата има слепи арки, оформени с червени тухли, напомнящи на средновековните несебърски църкви. Единствено от запад има открит притвор, носен от четири колони с аркада. Там са разположени няколко различни по големина камбани и висящо клепало. В църквата се влиза от юг, като над входа стои нова мраморна плоча с името на храма.
Вътрешността на храма не е зографисана, а е измазана в бяло. Патронната икона, както и при другите храмове из Търновската света гора, е разположена не до Богородица отляво на царските двери, а отдясно до Иисус. Иконата на Света Троица впечатлява особено със своята композиция. На нея са Бог-отец, Бог-син, Светия дух извисени в небесата, а под тях е изобразена Богородица на земята, на която слагат царска корона. До нея е иконата на свети Йоан Кръстител, която е изместена с едно място на юг. Отляво на иконата на Богородица е тази на св. Атанасий, а до него св. Николай. Мирликийският чудотворец има запазено място в почти всички храмове в района около Търново най-северно в иконостаса.
След 1948 г. манастирът става девически. В западната част на двора са разположени манастирските сгради, както и параклисчето „Свети Евтимий Патриарх Търновски“. На север са селскостопанските постройки, а от юг е входът на комплекса. Отдясно на манастирския вход има кладенец оформен с купол, изрисуван с шестокрили херувими. Близо до църквата има параклис посветен на Иисус, до който е погребан през 1918 г. търновският митрополит Йосиф.
