Разположен е на южните склонове на Стара планина, на 4 km северно от квартал Кремиковци в София, в местността Градището, където личат останките от крепост.Вероятно манастирът е построен по време на Второто българско царство, може би при управлението на цар Иван Александър, но е разрушен по време на османското завоевание. В 1493 година софийският първенец войводата Радивой го възобновява със собствени средства, в памет на двете си починали деца Теодор и Драгана. От това време датира старата църква в двора на манастира. През 1503 година покривът на преддверието на манастира е разрушен от земетресение.[2] От ктиторски надпис става ясно, че старата църква е обновявана през 1611 година. По вид и архитектура тя представлява еднокорабна църква с притвор и полукръгла олтарна апсида.
Стенописите в стария католикон „Свети Георги“ се отличават с монументалност и въздейственост. Разлики в стила и похватите показват, че стенописите в преддверието и тези в самата църква са правени от различни зографи и по различно време.
Сред стенописите в преддверието от 1493 година се отличават изображенията на ктитора Радивой и семейството му в момента в който поднасят църквата в дар на софийския митрополит Калевит и патрона Свети Георги Победоносец.[1] Тези стенописи са дело на ателие, принадлежащо на Костурската художествена школа, изписало също и църквата „Света Богородица Кубелидики“ в Костур.Северната, южната и западната стена на притвора са изографисани през XVII век. Сред фреските изпъкват образите на архангел Михаил, Свети Свети Константин и Елена, светците-воини Прокопий, Теодор Стратилат и Теодор Тирон, както и моменти от живота на Богородица и на Свети Георги.
Манастирът е бил просветен и духовен център, като един от запазените там ръкописи е Кремиковското евангелие от 1497 г., писано по заръка на Калевит. Запазен е триптих с поменик от XVI век, както и дървен иконостас от XVII - XVIII век.
В 1876 година манастирът спасява и крие Ботевия четник Димитър Стефанов-Казака.
По време на съветската окупация старата църква е ползвана за конюшня на Съветската армия.
През петдесетте години на XX век в помещенията на манастира са настанени военни, които остават там в продължение на осемнадесет години.
В продължение на 30 години стенописите в старата църква на Кремиковския манастир са обект на реставрация от специалисти на Националния институт за паметници на културата. Ремонтирана и оздравена е и самата сграда.
Иконостасът на новата църква „Покров Богородичен“, построена в 1906 година при игумения Аглаида (1844, Пехчево, Македония -1915, Кремиковци)[4], е дело на дебърски майстори от рода Филипови.
