Ненов е представител на българския музикален модернизъм. Музикалният му език е оригинален и уникален сред създаваното от неговите съвременници – изтънчен, но също така богат на звукови цветове. Независимо че използва в произведенията си народната песен, той я претворява, подобно на Пенчо Славейков или Пейо Яворов в литературата, в една съвременна музикална поетика. Някои откриват влияние на Александър Скрябин върху композиционния му стил, особено в клавирните му произведения, което може да се приеме дотолкова, доколкото и двамата споделят тенденцията на излизане извън рамките на конвенционалния изказ и търсене на нови възможности на тонова организация. Главни жанрове в музиката на Ненов са симфоничната и клавирната музика. През 1920-те години той работи над 3 симфонии и композира Четири скици за голям оркестър. Едно от най-често присъстващите произведения в репертоара на българските пианисти е Неновата Токата.
