В закона за защитените територии в България блатото все още не е обявено за защитена територия (резерват или защитена местност), но поради включването му в две от защитените зони, определени дейности в него не са разрешени. Това са пресушаване, използване на пестициди, палене на тръстикови масиви и др.
Блатото се намира на пътя на миграцията на птиците Via Aristotelis, тук те спират в богатата блатна растителност за да отпочинат, преди да полетят отново. Фитогеографски и флористично Драгоманското блато попада в Европейската широколистна горска област, Софийска област, Чепънско-Завалски район (Бондев, 1997). В миналото то е било дом на десетки редки растения, които изчезват заради пресушаването и разораването на ливадите – водната лилия, изправената ежова главица, тревистолистният ръждавец, дребният ръждавец, прешленистият многолистник, потопеният многолистник, плаващият рачиокарпус, спиродела и много други.
Спироделата е вид, който е включен в Европейския списък с редки и застрашени от изчезване растения.
Тежка загуба за българската флора и наука е изчезването на калдезията и насекомоядното растение алдрованда. Тук е било едно от малкото находища в България и за изправената ежова главица. Днес блатото приютява значителен брой растителни видове. Установени са 138 вида от 37 семейства. Преобладаващите растителни съобщества са хидрофилните, хигрофилните, мезофилните и рудералните. Някои видове като обикновената мехурка – друг вид насекомоядно растение, блатната перуника, жълтата какичка, бялата водна роза, потопеният роголистник, хипорисът, блестящият ръждавец, орхидеите, прешленолистният надводник – за него блатото е едно от седемте находища в страната, шахматовидната ведрица е изключително рядък вид, ниската теменуга е считана за изчезнала в България, представляват голям интерес за природозащитниците. Те са редки и ендемични видове, включени са в Червената книга на България. Най-голямото богатство на блатото са птиците. Установени са 237 вида, от които около 130 гнездят в блатото и отглеждат поколенията си тук. През пролетната миграция в района се наблюдават още около 105 вида. Тук гнездят световно застрашени видове като белооката потапница и ливадният дърдавец. Сред водната растителност се размножават 6 вида дърдавцови птици: воден дърдавец, зеленонога водна кокошка, белочела водна кокошка, голяма, малка и средна пъструшка. Тук гнездят и малък и голям воден бик, лятно бърне, зеленоглава патица, сива птица, кафявоглаво потапниче, голям гмурец и други.
През 2007 година се формира изцяло нова колония от бели, сиви и ръждиви чапли, а през последните години, по време на миграцията, е забелязан и сивият жерав. Днес блатото се посещава и от пеликани. Най-многобройни са пойните птици, сред които и няколко вида шаварчета. В миналото тук са гнездели шилоопашата птица, зимното бърне и сивият жерав. Блатото е хранителна среда за грабливите птици. От тях най-често се срещат орелът змияр, белоопашатият и обикновеният мишелов тръстиковият и ливадният блатар, бухалът, няколко вида соколи и сови и други. От световно застрашените видове, но при миграция, могат да се видят голяма бекасина, царски орел и белошипа ветрушка.
Бозайниците в района на блатото са представени от 23 вида. От голям интерес са застрашените лешников сънливец, горски сънливец, оризищна мишка и видра. Влечугите са 10 вида, от които най-срещани са обикновена блатна костенурка – световно защитен вид и жълтоухата водна змия. Земноводните са 9 вида, от който 7 вида жаби. Сред редките популации са тези на малкия тритон, балканския гребенест тритон и обикновената чесновица. Последната е рядък вид, а блатото е най-високото ѝ находище в страната. Жабата дървесница е световно защитен вид. Рибите са представени от сребристата каракуда. От паяците най-интересен е водният паяк – Arguroneta aquatica. От животните в блатото 188 вида са строго защитени, а в Червената книга на България са включени 43 вида – 30 застрашени, 11 редки и 2 изчезнали.
