Манастирът е издигнат на традиционно култово място. При проучване през 1920-те години са открити основи на голяма базилика с размери 41 x 26 м, вероятно от IV век, както и на сгради, които са свързани с нея. Открити са и каменни плочи със специфична украса, което говори, че навярно тук е имало и е минавала укрепителна линия още преди създаването на самия манастир.
Вероятно манастирът е основан през XVI век – време на сравнителна верска търпимост, когато християните в империята имат възможност да възстановяват свои храмове. Манастирът е част от Софийската Мала Света гора. При кърджалийско нападение през XVIII век той е напълно разрушен и изоставен.
Църквата е възстановена през 1881 г. върху основите на базиликата от IV-V век. Църквата е малка и в нея не се служи, за да не се повредят стенописите. Въпреки че не е постоянно действащ, манастирът се поддържа и по празници събира местните жители.
За да се стигне до Буховския манастир „Свети Архангел Михаил“, се минава по централната улица в Бухово, подминават се гробищата и мотопистата в края на Бухово и се поема по черния път за хижа Мургаш. Малко след пистата има един каменен паметник с чешма до него, след който черният път се разклонява и там трябва да се поеме по десния път. Пътят в този участък е проходим с лека кола, като има 2-3 лоши „прага“, през които трябва да се внимава.
След разклонението вдясно, коларският път се изкачва на един хълм, на върха на който пътищата отново се разклоняват – пътят направо е за хижа Мургаш, а този – надясно и надолу по склона е за манастира. На това място трябва да се остави колата, защото пътят надолу към манастира е много лош.За ориентир – разстоянието, което изминахме с колата от мотопистата в края на Бухово до високата част на хълма, където я оставихме е около 1100 метра.
От там до манастира са 10-15 минути пеша: 5 минути спускане по хълма до реката, завой надясно след моста на реката и още десетина минути ходене до манастира.Като цяло сведенията за манастира са доста оскъдни. Според някои изследователи, Буховският манастир „Свети Архангел Михаил“ е основан през Ранното средновековие, а според други – при управлението на цар Петър I (927 г. – 970 г.). Засега единствените сигурни писмени източници сочат, че манастирът е съществувал в началото на 17-и век. Знае се също, че през втората половина на 19-и век е притежавал доста имоти и добитък.
В момента от Буховския манастир „Свети Архангел Михаил“ е останала църквата и гостоприемницата, която е в много лошо състояние. Южно от църквата личат останките от магерницата. Малко пред тях е било монашеското крило, заемано днес от навес за пикник.
