От юг и от запад поляната е оградена от отвесни, високи около 50 м. варовикови скали. В основата им се образува плитка, но висока и широка пещера, наричана Голямата пещера, от която извира карстов извор.
Фреските в пещерата и някои от стенописите в църквата показват, че тя е възстановена през 16 век, но създаването на манастира се отнася в епохата на Второто българско царство и се свързва с крепостта, намираща се на рида югоизточно от него. Откритата в и около пещерата тракийска керамика свидетелства, че тук вероятно е имало светилище в предримската епоха (IV-I в. пр. Хр.), а може би и по-рано. Предполага се, че манастирът е основан като скален и монасите първоначално обитавали тази и околните пещери.
Стенописите в Голямата пещера са обявени за паметник на културата с национално значение през 1973 година.
На северната стена на Голямата пещера неизвестен зограф изписал пет сцени от житието на свети Димитър и свети Нестор: „Свети Димитър с кон тъпче в краката си повален войник“, „Джелата Лий, хвърлен с главата надолу от Нестор върху набити в земята копия“, „Войници пробождат свети Димитър“, „Мъжка фигура на трон“ и „Посичането на свети Нестор“. Стенописът се намира на 12 м. височина и обхваща площ от 15 кв. м.
Композициите са изографисани върху тънък слой гипсова мазилка, с която скалата е заравнена, а по чистотата на тоновете и моделировката на човешките тела се съди, че стенописите в манастира са продължение на най-добрите традиции в средновековната българска живопис от 14 век.Запазеното от тези образци от ранния период на османското владичество свидетелства за богата фантазия и забележително художествено майсторство – почерка на Търновската средновековна художествена школа.Реставраторите, които извършват консервационно-реставрационните дейности върху стенописната украса на пещерата с извора под ръководството на Стефко Аенски, са разкрили и заснели надпис над самия стенопис – вероятно подпис на автора. Към 2015 година надписите по самите сцени все още не са разчетени, а този под сцените търпи доста корекции и е богат материал за проучване. В отделни детайли от стенописите и в централните персонажи, оформили сцените, се наблюдават отклонения от иконографската норма: свети Димитър е на бял кон в първата сцена, а в предпоследната светецът е на трон с копие, в краката му са разкрити зооморфни образи, които включват елементи от змии и лъвове.
Под сцените, по цялата им дължина, има надпис върху черен фон с бели букви, в четири реда. Той вероятно е с църковно съдържание. До него има друг, по-кратък надпис; той сочи годината, разчетена от специалисти като 1540 и името „Димитър син Дубов“, вероятно ктитор на стенописите.
Западна стена
Върху западната стена на пещерата са запазени следи от скални икони с образите на двама светци, свети Иван Рилски и свети Йоан Богослов, оформени в правоъгълни рамки. Двамата светци са изписани един до друг, така както са изписани и върху запазени икони от църквата и върху т.нар. „Краводерска щампа“ (вж. раздел „Медни щампи“ по-долу). Според друго предположение едната от иконите е посветена на Божията Майка.
Под тях е свещеният извор с езерото – за водата му се вярва, че е лековита. Тя минава покрай църковната сграда и пада от скалите, като образува малък водопад. В близост до него има скална ниша, където с традиционни водолечебни и климатолечебни способи в миналото се лекували душевноболни.
Пещера Постницата
Над манастира, разположена върху отвесна скала, се намира пещерата Постницата, и до нея се стига изключително трудно без помощта на стълба. В пещерата на височина 5 – 6 метра в малка скална ниша е изградена (вероятно по-късно) миниатюрен храм със свод от преплетени лозови пръчки, измазан с вар, на който все още може да се разпознае фигурата на Христос Вседържател. Според легендите това е най-старата част на манастира – там живял 40 дни в пост и молитви най-почитаният български светец свети Иван Рилски и скалата сама се отворила, когато тръгнал към Рила планина. Постницата е уникална за българските земи.
