Разположен е в подножието на рида Црънча от Завалска планина, на километър североизточно от село Билинци и на 8 км северозападно от Брезник. Предполага се, че манастирът започва да действа края на 11 век – началото на 12 век – периодът на Византийското владичество над българските земи. Според преданието манастира е основан от болярина Милутин – средновековен владетел на с.Ярославци, който получил разрешение за градежа лично от Византийския император.
Археологически останки доказват, че през 14 век на това място вече е съществувал голям укрепен манастир. Първото писмено сведение за Светата обител, след османското нашествие, е от 1587 г., когато отец Стефан е представлявал манастира в пратеничество на кюстендилския епископ в Русия. Манастирът е опустошаван от поробителя и е обновен през Възраждането в 1855 г.
До съборната църква днес има чешма, която е каптирана под олтарното ѝ пространство. Много вероятно е мястото на градежът на манастира да е свързано със свещен извор, почитан от езически времена. В един от своите трудове българският археолог Кръстю Миятев споменава за побити камъни (менхири) от т.нар. „Русалимско гробище“, които са били на разстояние 0,7 – 0,8 км северозападно от Гърленския храм-кладенец. Според описанието което ученият дава, това са били наредени в редица необработени каменни стълбове (които често съпровождат Културата Нураги). Тези данни публикувани от Мятиев са потвърдени от местни жители на с. Гърло пред проф.Димитрина Митова-Джонова по време на разкопките на обекта край с.Гърло. Според нея, макар и придобити от спомените на жителите на с. Гърло, разказите за съпътстващи градежи и обекти заслужават особено внимание, защото набелязаните паметници са отделни елементи от културата на нурагите и съставляват култа към Луната и допълват характера на храм-кладенеца.
През 17 и 18 век манастирът има голямо културно влияние и връзки с руски и атонски православни манастири, а в края на 18 век в него е открито килийно училище.
Многобройните археологически останки из двора и около него показват, че през XIV век обителта вече е съществувала като голям укрепен манастир, стъпил върху стръмния скат над реката. Останки от средновековните му зидове има южно от черквата, а до жилищното крило се очертават основите на отбранителна кула.
При стенописите на Билинския манастир проф. Джонова откроява два периода, близки един до друг по стил и по време. Те са изпълнени в смесена живописна техника. Над хоросановата мазилка е нанесен фин грунд, върху който е положен живописният слой. Стенописите на Билинския манастир имат своя специфика. Те са изписани от майстори зографи, принадлежащи към западната българска живописна школа от късното средновековие – XV – XVI в. Тази дата се потвърждава и от преписките, които доказват, че през XVI в. Билинският манастир е съществувал отдавна. През 1587 г. отец Стефан е представлявал обителта в пратеничество на кюстендилския епископ в Русия. Билинският манастир представлява комплекс от черква и изоставени жилищни и стопански сгради. Църквата, с размери 13,20 х 3,90 х 4,25 м, е еднокорабна едноапсидна, безкуполна с притвор, слят с централната част и с един вход – от север. Запазени са ценни стенописи от 17 век.
Църквата е изградена от ломен камък с хоросанова спойка, като при тухлените пояси и арките са употребени тухли и дървени сантрачи. Вътрешността на църквата се осветява от малки, амбразурни прозорчета – едно в апсидата, едно на северната и две на южната стена. В апсидата и на южната стена има и по един отдушник. Апсидата е полукръгла отвън и отвътре има самостоятелно покритие. Над източната страна над апсидата като арка е изявена дъгата на полуцилиндричния свод от покритието на кораба на църквата, която е оформена от редуващи се тухли и каменни блокчета. Входът на западната фасада е затворен. По един вход има и на северната и южната фасада.
Плановото решение на Билинската манастирска църква се различава от синхроничното му църковно строителство. То прави впечатление на разширена на запад малка, еднокорабна, едноапсидна сграда, но видими следи от такова преустройство липсват. Като период в строителството на църквата се налагат пиластрите от вътрешното ѝ пространство, изградени в ъглите на кораба и по надлъжните стени. На южната стена на църквата отвън, е изграден контрафорс, като падан на вътрешния пиластър. Това подсилване на надлъжните стени на църквата е наложено от теренната даденост, която е наложила и затварянето на западния вход.
