Манастирът се намира на територията на Пазарджишка духовна околия разположен в северните склонове на рида Къркария от Баташкия дял на Родопите, отстои на около 1,5 км от някогашното село Баткун днес част от с. Паталеница и на 12 км югозападно от Пазарджик, в близост са останките от древния град Баткунион. Няма точна датировка на основаването на манастира, но се предполага, че е основан в периода XII-XIV век. Възобновен е през 1692 г., но през 1774 г. е разрушен до основи от кърджалиите.[1] Към края на XIX век светата обител е възстановена. Тогава е построена новата манастирска църква, оцеляла. Тя е еднокорабна, едноапсидна сграда без купол.До западната ѝ фасада е долепена красива камбанария.
Важно място в манастира заема стая, украсена със стенописи, в която през 1867 г. живее известният български възрожденски художник Станислав Доспевски. По време на престоя си, художникът рисува 4 икони: „Богородица“, „Христос“, „Уброс“, „Козма и Дамян“ и 2 портрета: на Йеромонах и на сестра му. Тези ценни портрети образци на българската възрожденска живопис сега се пазят в Пловдивската митрополия. През 1872 г. манастирът е посетен от Васил Левски.
Баткунският манастир е постоянно действащ, с монаси. Той е без игумен и монах близо 30 години. Едва в края на 2007 година, след като е подстриган от Пловдивския митрополит Николай в монашески сан, отец Яков е ръкоположен и получава назначение като игумен.
Манастирът е обявен за паметник на културата.
В манастирския двор расте най-старата лозница на Балканския полуостров, която е на над 500 години и все още дава плод.
От манастира произхожда Баткунската хроника, свидетелстваща за насилията налагани от исляма в Родопите.
В църквата „Св. Димитър” в с. Паталеница била намерена мраморна плочка с гръцки надпис, според който се предполагало, че манастирът е възникнал през Средните векове и по – точно през ХІ-ХІІ в. Има едно становище, че светата обител е била построена върху основите на стар езически храм. При разкопки в района пък били намерени стари римски монети. В близост до манастира се намират и останките на древния град Баткунион.За периода от ХІ в. до ХІV в. св. обител е играла важната роля на духовен център. Тази дейност била прекратена, когато започнало насилственото помохамеданчване на българското население в Родопите. Манастирът бил свидетел на събитията от „Време разделно” през ХVІІ и ХVІІІ в. За първи път той бил опожарен и разрушен през 1657 г. Тогава баткунската св. обител влязла в числото на 33–те манастири, които заедно с 218–те църкви между Костенец и Станимака ( днешния Асеновград) били сринати до основи. След това манастирът бил повъзстановен, но било извършено второ нападение върху него през 1774 г. от страна на кърджалиите, за което са запазени писмени сведения. За това време напомня едно старо клепало в двора на манастира и мраморната плоча от старата манастирска чешма с възпоменателен надпис от 1781 г., сега вградена в стената на манастира. Въпреки трудните времена, през ХVІІІ в. тук отново била извършвана активна, духовно – просветна дейност, свидетелство за което е съществуващото към манастира килийно училище. Във втората половина на ХІХ в., няколко години преди Априлското въстание манастирът „Свети апостоли Петър и Павел” бил отново възстановен от местното население, но вече бил с по-малки размери, само с една, каменна църква, завършена окончателно през 1870 г. В този си вид тя се е запазила и до наши дни.
