Името Рожен за пръв път се споменава през 1365 година в инвентарен опис на манастира „Света Богородица Спилеотиса“ в Мелник.През XIX век Рожен е малко чисто българско село, числящо се към Мелнишката кааза на Османската империя. При избухването на Балканската война през 1912 година трима жители на селото са доброволци в Македоно-одринското опълчение.
Всяка година на 8 септември се провежда традиционния събор на селото, посветен на празника Рождество Богородично.
