В непосредствена близост до селото е уникалното неолитно селище при Дуранкулашкото езеро обитавано от първото уседнало земеделско население на нашия континент. Тук са открити първите каменни градежи в Европа датирани към 5200 г. пр. Хр. Районът е обитаван от траките през Античността, при езерото има и останки от прабългарско средновековно поселение.
Днешното село Крапец е много старо. Селяните са били в мнозинството си българи, сред които са живеели и малко гагаузи. Първите известни сведения за селището са от 1573 г., където то фигурира под името Гърбидже /гърбица/. В документ от 1676 г. то се споменава като Гарбиче кариеси. За селото съобщава и Венцел фон Бронард в едно описание на българския Черноморски бряг от август 1786 г. Според него село Карибчи кьой /Крапец/ се намира между Шабла фенер /пясъчен фар/ и Иланлю кьой /с. Иланлък, днес в Румъния/. От 1832 г. е известно под името Карапез. В средата на 19 век в селото живеят 24 домакинства българи, а то носи името Карапча. Много от населяващите селото българи идват от Ямболското село Карапча /днес Маломир/, като с това се обяснява и новото му име. На 21 август 1916 г. румънците нахлуват в селото, което тогава е с повече от 100 къщи, отвличат и изпращат в концлагери в Молдова всички мъже, дори и момчета от 12 години нагоре[2]. След 1917 г. част от руските емигранти в България са намерили свой дом именно тук. Заради това, но не е изключено и във връзка с по-стари руски заселници, които не са малобройни в Добруджа, северните части се помнят в селото като – „казашките къщи“. След 1940 г. тук се заселват преселници от Северна Добруджа. От 1942 г. селото носи днешното си име – Крапец.
Населението е православно.
Първата възрожденска черква в Крапец е построена през 1868 г. Като всички църковни постройки, строени през владичеството, те е била малка и вкопана в земята. Вероятно е пострадала през освободителната война или градежът не е бил с нужните качества, защото само след 20 години през 1888 г. карапчани си въздигат нова.
Сегашната черква е строена през 1888 – 1889 г. със средства на Добри Киров, който дал по-голямата част, а останалите са събрани от селото. Носи името на светите братя Кирил и Методий. До 1966 г. това име носи и училището в селото.
До средата на XX в. е действаща. Впоследствие е изоставена и подложена на разграбване, а след 1990 г. започва ремонт и реставрация, която е завършена със средства на хора от селото. На 24 май 2010 църквата „Св. св. Кирил и Методий“ бе официално открита и осветена.
Обществени институции
Селото има кметство и поща. Църквата понастоящем е действаща. Читалище „Слънце“ на с. Крапец е създадено през 1871 г. под името „Полска майка“. Това е третото по ред на създаване селско читалище в Добруджа. Според устава на читалището, публикуван в бр. 17 от 1871 г. на вестник „Македония“, то „ще има намерение и грижа да може да научи всеки член по малко да чете, да пише и да изчислява“. Библиотеката към читалището разполага с 6500 тома литература.
