Ранната история на манастира не е ясна. Голям пожар в края на XVII век поврежда манастирските сгради и вероятно унищожава манастирския архив. При разкопки в манастирския двор са намерени накити и монети от византийския император Михаил VIII Палеолог (1259 – 1282). Косвени данни за съществуването на манастира през ΧΙΙΙ век се откриват в една приписка в гръцки ръкопис. Според Венцислав Каравълчев основател на манастира е Калист Ангеликуд.[3] Най-ранното сигурно сведение за съществуването на обителта е приписка в ръкопис от библиотеката на Великата Лавра, в която се казва, че ръкописът е преписан в 1551 година от йеромонах Козма, игумен на манастира на „Всесвещената Богородица Розинотиса“.
През XVI век Роженската обител преживява подем. Към средата на века се строят днешното южно манастирско крило и главната църква. В края на века са украсени със стенописи църквата и трапезарията. В началото на следващия XVII век е изписана южната фасада на главния храм, а през 1662 година е украсена със стенописи и новопостроената манастирска костница „Свети Йоан Кръстител“. След пожар през втората половина на XVII век манастирът изпада в тежко положение.
Манастирът е възстановен в началото на XVIII век с финансовата помощ на богати българи от цялата страна. Реконструкцията започва през 1715 година, а църквата е изцяло завършена през 1732 година.
През 1761 година под предлог че има финансови затруднения, Роженският манастир губи своята самостоятелност и се превръща в метох на светогорския Иверски манастир. За игумени са назначавани иверски монаси. В началото на XIX век строителството в манастира продължава. По същото време той е регионален духовен център и притежава много земи в околностите. В края на XIX и началото на XX век манастирът отново запада.
В 1891 година Георги Стрезов пише за манастира:
„ Над селото е едноименният манастир „Рожна“, изопачено от „Рождество Богородици“. Вехто здание, над селото. Тоя манастир зависи от светогорския Иверски манастир. [...] Вярват, че иконата, старо едно изображение, в навечерието на празника сама се раздвижва от мястото си искаещи да излезе. Тогаз похващат я калугерите и я изнасят вън пред църковните врата. Всичките присъствующи минуват под иконата за здраве. В това време трепят се, бият се, кой по-напред да мине. В манастира живеят 20 калугери; четат гръцки.[4] “
След 1912 година между България и Гърция възниква спор за собствеността на Роженския манастир. Спорът е окончателно разрешен през 1921 година от Арбитражния съд в Хага в полза на България.[5]
В края на 60-те години на XX век започват реставрационно-консервационни работи по стенописите, иконите и дърворезбите, като те са завършени в началото на 90-те години на XX век от реставраторски екип с ръководители Лозинка Койнова-Арнаудова и Александър Пенев. В 1981 година колектив под ръководството на Христина Станева завършва архитектурна и строителна консервация и реставрация на манастира.
