Релефът на общината е с подчертан планински характер. Западната част от територията на общината е с най-ниско надморско равнище. Главна долина на територията на Община Рила е долината на р. Рилска, която служи за граница между Северозападна, Средна и Югозападна Рила планина. Долината на р. Рилска е ориентирана в посока югозапад – североизток и е отворена на Запад към долината на р. Струма.
Община Рила попада в планинска /80%/ и преходно континентална /20%/ климатична област, което обуславя преходноконтиненталния климат с планинско влияние.
Основен фактор на формиране на климата е надморската височина, която в най-ниските части на подножието е около 500 м, а в най-високите – 2716 м, при връх „Черна поляна“. За региона е характерна мека зима и сравнително сухо лято.
Община Рила попада в Беломорския водосборен басейн. Водите на територията ѝ се оттичат в басейна на р. Струма.
Основна водосборна артерия на територията на Община Рила е р. Рилска, с обща дължина 51 км, която се влива в р. Струма при с. Шарков чифлик, Община Кочериново. Тя извира от Рибните езера, на кота 2691 м и тече в Западна посока.
На територията на общината има 28 планински и високопланински езера, циркусни езера, с ледников произход. На кота 2379 м се намира язовир „Калин“, който е най-високо разположения изкуствен басейн на Балканския полуостров.
В гр. Рила съществува извор на минерална вода с температура 36 градуса С и малък дебит. Водата е алкална, сулфатна, хидрокарбонатна, флоурна, с минерализация 0,93 гр./л.
На територията на община Рила най-разпространени са следните почвени типове: кафяви горски, алувиално-ливадни, канелени горски /типични и излужени/ и планинско – горски /тъмноцветни и ливадни/.
В Общината се очертават 2 добре изразени растителни пояса: горист и тревист. Гористият е по-обширният пояс и е съставен предимно от иглолистни видове: черен бор, бял бор, бяла мура, смърч и ела. Долната граница на този пояс е заета от широколистните видове: бук, габър, ясен, бреза и др. Гористия пояс над 1500 м. е съставен от храстите боровинки, малини и др. На горната горска граница е разпространен нискорастлият силно разклонен бор – клек.
Тревистият пояс се състои от алпийските пасища, които се простират до 2600 м надморска височина. Сред характерните тревисти видове са представени и лилав минзухар, тинтява, омайниче, алпийска роза, кантарион, и др.
Типични представители на животинския свят на територията на общината са сърната, благородния елен, дивата коза, дива свиня. От хищниците са разпространени вълк, кафява мечка и лисица. От гризачите най-често срещани са заек, катерица, лалугер, полска мишка, невестулка, белка. Птичият свят е представен от черен орел, сокол, ястреб, глухар, щъркел, лястовица, славей, синигер, врабче, кос, сойка и др. От влечугите се срещат гущер, смок, слепок, водна змия, пепелянка, усойница и др. Реките са обитавани от балканска пъстърва, черна мряна, речен кефал, речен рак и др.
Като селище Рила има многовековна история-води началото си от края на II – началото на III век.
Първото известно наименование на селището е Спортела. То се е намирало на територията на днешния град и хълма – западно от него.
Данни за следващото наименование на Рила – Ролигера като кастел (крепост – наблюдателница), възстановен през VI век съобщава Прокопий.
Рила се споменава през XIV век като феодално владение на Рилски манастир. Сведения за Рила под името Ирлие има в турските регистри от 1576 г.
В историческото развитие на селището е безспорна ролята на Рилския манастир, датиран от Х век – векове наред огнище на просвета и култура, пазител на българския национален дух и на българската книжнина.
В отрасловата структура на материалното производство преобладават търговията, туризмът и леката промишленост. Селското стопанство е специализирано в производството на тютюн. Незначителен е делът на овощарството, зеленчукопроизводството и лозарството.
Археологически паметници
При разкопки са открити: зидана засводена гробница от I-II в., останки от антично селище с надписи на гръцки език, олтар от края на II и началото на III век, битова керамика, монети и др.
Като археологически паметници от местно значение през 1965 г. са обявени гробищната църква „Св. Архангел Михаил“, оброчище „Св. Георги“ и останки от античен градеж в двора на църква „Св. Георги“.
Архитектурни паметници
Архитектурен комплекс „Бабинска махала“ е обявен за паметник на културата през 1971 г.
Рилска света обител
Най-значимият паметник на културата на територията на общината е Рилският манастир. Той е изграден на границата между Северозападна и Средна Рила в долината на Рилска река, при вливането ѝ с р. Друшлявица. Основан е през X в. от отшелника Иван Рилски и заема площ от 8000 m².
В Рилския манастир открити за посещения са: главната църква, историческия музей, етнографската сбирка, картинната галерия, Хрельовата кула, магерницата, музей „Манастирско стопанство“, както и четирите църкви в близост до манастира с ценни стенописи от началото на XIX в.
Метох „Орлица“
Църква „Свети Архангел Михаил“
Църква „Свети Никола“
Паметник на руски воини през Руско-турската война.
Горите са много важна част от настоящето и бъдещето на община Рила.
Преобладаващите дървесни видове са бук, зимен дъб, бял бор, ела, смърч и бяла мура. Ценно богатство е биоразнообразието. От растителните видове се срещат рилската /божествена/ иглика – локален ендемит за Рила; от билките – мащерка, жълт и червен кантарион и др.; златиста кандилка – рядък вид, включен в „Червената книга“ на България – том 1, български омайник, златовръх, рилски ревен – локален ендемит за Рила, жълт планински крем – рядък вид, жълта тинтява – застрашен вид, планински божур и др.
Горите са предпоставка за разнообразната фауна – яребици, зайци, лисици, вълци, диви прасета, сърни, мечки и др.
"Природен парк „Рилски манастир“ - е обявен с цел да се запазят ценни растителни и животински видове, както и да се запази голямото разнообразие и красота на местата, подходящи за отдих и туризъм.
Особено забележителен от геоморфоложка гледна точка е районът около „Кирилова поляна“ с красивагта скалиста дъга, включваща върховете Злия зъб, Иглата, Купените, Ловница, Орловец и Елени връх.
В резултат на ерозионната и акумулативната дейност на ледниците през кватернера във високопланинските части са се образували значителен брой ледникови езера. На територията на парка има 28 езера, от които 25 ледникови. В него се намира и най-голямото високопланинско езеро на Балканския полуостров – Смрадливото, с площ 224 дка и дълбочина 24 м.
Богат и разнообразен е растителният и животинския свят в парка. Голям е броят на видовете растения. Сред тях са сладководни водорасли, лишеи, папрати и др.
Музейната сбирка е от общ исторически характер. В нея е съхранено богатото културно-историческо наследство на Рила от античността до най-ново време.