Чекотинският манастир се състои от църква „Св. Архангел Михаил“, параклис „Св. Генадий“, жилищни и стопански сгради.
Църквата е единствената частично оцеляла сграда от средновековния манастир. Представлява еднокорабна триконхална базилика с апсида, преддверие и цилиндричен свод. Входът към църквата е нисък и сводест, оформен с дялани камъни. Притворът е реконструиран през 1841 година. Иконостасът е дървен, богато резбован със стилизирани лозови листа и гроздове, в стила на Тревненската школа. Иконите са изографисани от Димитър Зограф и Йован Иконописец от Самоков и Хаджи Иванчо от Габрово. Стенописите са реализирани през 2012 – 2013 година.
Параклисът „Св. Генадий“ се намира на втория етаж на триетажната жилищна сграда към манастира. Параклисът е изрисуван богато и често се използва за празнични църковни служби.