През османското робство, а и до наши дни, местността се нарича “Дълъп дере”. Оскъдни сведения за манастира през този период намираме в една статия във в-к “Македония”, бр. 39 от 23 септември 1871 г., писана от Димитър Станчев, задомен в с. Юшенлий (старото име на с. Ботево) учител, основател на местния революционен комитет, писател-патриот, близък приятел с Любен Каравелов и Христо Ботев. В статията си със заглавие “Дълъп дере”, той пише: “...Там, в храсталака, извира много студен извор, обграден отвътре с камани, колкото гробница, а стените горе ачик, в който се намира хемен до пояс вода, що тече непрестанно и ся изтича по-долу от зданието, дето има особен извод и изтичащата вода образува река. Кара долапи, тоже полива бахчи...” Авторът съобщава и, че в “Дълъп дере” ставал сбор, на който се стичала цяла Добруджа. Изворът е бил собственост на турчина Сали Топчи бей от Добрич и тук той си прекарвал лете “сеферич” с харема си. Решил да си направи сарай, но при разкопките изкопали кръст с надпис “Св. Марина”. Тогава, след като разбрал че мястото е християнско, беят продал цялата местност на дядо Лечо от с. Ботево за два коня, пет кози и три рогозки. Дядо Лечо пък я подарил на селската черква.
Поради липса на исторически извори, сведенията за миналото на тукашния манастир изхождат основно от местните легенди, които до голяма степен се препокриват с действителните събития и обстоятелства, включително и тези, описани от учителя Димитър Станчев. От свързаните с това място легенди най-разпространени са следните две. Едната от тях ни разказва за баба и дядо, които щели да тръгват за града на пазар с керван. Обещали на внучка си, че ще вземат и нея. На сутринта като видели, колко сладко е потънала в съня си, решили да не я будят, и още с първи петли потеглили. Когато момичето се събудило и разбрало що се е случило, тръгнало само през гъстата гора. Изгубило се, а и било много изморено. И когато стигнало до един бистър извор, то жадно пило от студената вода. Утолило жаждата си, и легнало за отмора на студените камъни. Но там си и останало. Намерили го на същия ден, но смъртта го била вече отмъкнала. Не се знае дали там е погребано, но родителите направили надгробен кръст, на които пишело: „Тук почина на 12 години Марина”. Така изворът получил името „Маринино кладенче“ и добруджанци започнали да правят сбор край него. Но настъпили турски времена и християните полека лека, престанали да се събират на събора. Картината се променила, мястото обрасло, изворът се напълнил с тиня и зарази. От тук дошло и името „Сатна пънар“ - на тур. „трескав кладенец“. Един турски бей, от добричко село, решил да построи край извора сарай, където с харема си да прекарва часове на спокойствие. Когато започнали да разкопават излязъл кръстът на който прочели „Тук почина на 12 г. Марина”, и изплашен турчинът забравил всички свои намерения. Нарекъл мястото християнско и предал кръстът на църквата в село Юшанлий, а мястото продал на дядо Лечо от същото село за два коня, една коза и три рогозки.
Другата легенда ни разказва за лечебните свойства на водата от извора. Някога, през едно горещо лято, когато всички работели и пълнели каруците си със снопове, и ги водели по близкия каменен път, една каруца нямала снопове, а возила страдащо семейство. В нея грижовна майка притискала вързоп, в които скрито било изгарящото ѝ от треска дете. Тръгнали били за лек, за единствената си рожба. Обходили врачки и знахарки, и вече изморени и без резултат поседнали до извора да си починат. От ромона на водата детето се пораздвижило и помолило за вода. Тя била ледено студена, дори воловете отказали да пият, и майката загребала с шепи, плиснала го по личицето, но не го напоила. Детето жадно погълнало, няколко капчици, попаднали на устните му. През това време, майката горещо отправяла молитви към Господа, за пощада на единствената си рожба. Чути били, и Ангел Господен размътил водата, и тя станала целителна. Смилила се майката, дала на детето си глътка две, и още преди да стигнат селото, то било здраво, и звънлив смях поздравявал приветливата гора. Така, мълвата за целителната вода в Марининото кладенче, бързо се разгласила по цялото село и съседните нему.
През 1882 г., вече в свободна България, членовете на местното църковно настоятелство вземат решение да се построи параклис в местността при Марининото кладенче. Освен култовата постройка, построяват и две къпални без покрив, една за мъже и една за жени. На следващата 1883 г., е изградена каменна чешма с две корита и плоча над нея, с красива овална ниша и изпъкнал кръст.
След издигането на параклиса събирането на християните се възобновява и дори умножава. На 17 юли 1900 г., на празника на Св. Марина, свещеник Христо Хаджев на с. Ботево, изговаря дълбокомислена проповед, с която се възобновява ежегодното честване паметта на Светицата. Друго решение от настоятелството се взема през 1929 г., а именно да се построи втора чешма. Тя е кръгла, овална с височина 3 метра, на върха е поставен кръст, а коритото ѝ е кръгло с дванайсет канелки. Майсторът не е оставил името си, но вътре в свода на чешмата са изписани имената на членовете от църковното настоятелство: председател - свещеник Христо Хаджев, членове - Миро Долапчиев, Димитър Стоев, Йордан Костов, Иван Великов, Руси Кр. Русев, Добри Казаков.
След Първата световна война, с подписването на престъпния Ньойски договор, съгласно който България губи голяма част от територията си и Южна Добруджа е подарена на Румъния, държавната граница минава само на километър от местността, като параклисът „Св. Марина“ попада от българската страна. Прокарването на тази изкуствена граница е причина много от идващите дотогава хора от различни места из Добруджа да спрат посещенията си.
През 1935 г. църковното настоятелство взема друго решение да се построи черква над параклиса. Събират се средства и за кратко време над къпалните се издига красива църковна сграда, а в северния склон на дола е построен специален навес, под който идващи на събора търговци да излагат стоката си. Новият храм е осветен на 30 юли 1935 г. (на празника на Светицата по юлианския календар) с отслужване на първата Божествена света литургия. Водосвета при освещаването се извършва от епархийски свещеници и свещеник Никола Петров Апчев от църквата „Св. пророк Илия” в село Ботево. Подновява се и една стара традиция, да се събират цели семейства и да вземат участие в нощно бдение срещу храмовия празник.
Според Крайовската спогодба от 1940 г. Южна Добруджа е върната на България. По спомени на местни, разказвани на поколенията, цар Борис III минал през местността „Св. Марина“ на път за Добрич, и попаднал на големия Добруджански събор. Впечатлен от цветната дейност, издал указ „За ознаменуване завръщането на Южна Добруджа към майка България, в местността „Св. Марина” да се построи манастирски комплекс”. Лично царят натоварва с тази задача областния управител, дарява голяма сума, и така става първият ктитор на манастира. Местността започва да носи името „Царският манастир”.
Съборът при манастира „Св. Марина“ става всеизвестен и на него ежегодно се стичат все повече хора. Кервани от каруци са се проточвали срещу празника от цяла Добруджа, Варненско, Провадийско, Вълчидолско и т.н. Всеки си знаел мястото – провадийския керван в единия край, до тях каруците на ветренци и т.н. Стари и млади отивали най-напред в параклиса, за да запалят свещ, да се помолят за здраве и упокоение на близки и сродници. После се отбивали в къпалните, откъдето вадели с кепчак вода и пиели за здраве. По отколешна традиция, някои са “пренощували в параклиса”. След св. Божествена Литургия и водосвета, гостите са се къпали за здраве. Панаирната глъч била голяма. Младите са правели хоро, а старите са се събирали на приказка и блага ракия. Сборът не минавал без някакво събитие – или ще се излее пороен дъжд, или мома ще се обрече във вярност на избраника си...
Но за жалост, добруджанци не се радват дълго на обновения си манастир. Скоро България е въвлечена във Втората световна война и войски навлизат и преминават през страната (такива минават и през близките села Стожер и Валог, при което селяните треперят за манастира си. Но слава на Бога, обителта остава непокътната.
След идването на социалистическата атеистична власт на 9 септември 1944 г. водата от извора се взима за водоснабдяване, като местността е превърната във вододайна зона, достъпът до която е забранен, а манастирът е затворен. Забранено е да се провежда и ежегодният летен събор. Мястото запустява, вандалствата зачестяват, построеното започва да се руши, а това което е имало някаква стойност е откраднато, в това число и иконите и камбаната. Остават само надписът „Храм Света Марина” и пустотата, напомнящи за съществувалата някога духовна обител, изпълвана с щастлива глъч.
През 80-те години на XX в. състоянието на манастирския храм вече е много лошо. През 1981 г. сестра Валентина от Калоферския манастир посещава мястото и веднага предприема действия за възстановяване на черквата. Отправя непрекъснати молби към състоятелни и влиятелни родолюбиви граждани да помогнат с каквото могат. Инициативата ѝ среща доста последователи, които като начало няколкократно искат разрешение от ВиК Варна, но никой не е допуснат зад оградата на вододайната зона. Единствено помпиерът, на собствена отговорност, допуска ентусиазираните хора, при което започва бавно възстановяване на мястото. Търси се помощ и от варненския митрополит Йосиф, който вероятно подплашен от властта, отказва под претекст, че има други църкви във разруха, на които е необходимо да се обърне внимание. След отказа се събират дарения от граждани и селяни от близките населени места. Хората все още не са забравили веселият летен сбор, и не са загубили желание, това да продължи. С първите събрани средства, братът на монахиня Валентина, Друми Спасов, който от самото начало е в първите редици на борещите се за възраждане на манастира, оформя и трасира пътя, огражда църквата с малък двор, оформя подпорни греди, прави скеле, осигурява кофражни платна и отлива плоча. Това разбира се не прави сам. Около него започват да се събират все повече доброжелатели. Вземат се тухли от старата църква в родният град на Валентина и Друми, Вълчи дол, а бетон се доставя от Девня. Заварчици от ПМЗ „Вълчи дол” изработват винкела безплатно. Двама пенсионери от Варна се включват, като доброволци и замазват стените на църквата от вътре и от вън. Енорийският свещеник отец Иван възстановява олтара и изработва нов иконостас. Всичко необходимо е дарено от хора от близките села. Събира се дарение, с което се закупува икона на Св. Марина, която по-късно изчезва. Г-жа Зоя Кирякова от Варна дарява две гръцки икони. Успяват да се проследят следите на старата камбана. Била предадена на пункт за вторични суровини в с. Ботево от партийно антихристово величие. Но за щастие, закупчикът на отпадъците Любчо Стефанов запазва камбаната и я връща на черквата.
Така, вече напълно възстановена, черквата е готова, в очакване първа от много време насам Света божествена литургия. Дядо Йосиф отново е поканен да я води, но и този път отказва. Държавна сигурност оказва натиск, и проваля службата. Притеклите се автобуси с християни, са спрени на километри от с. Ботево, а други миряни, от близките села, отново са възпрепятствани. Главното лице, водещо събитията, отец Иван е задържано и съдбата му от този момент нататък не е лека. Заточен е да служи в далечно добричко село, където, подложен на големи притеснения, почива.
За пореден път настъпват тежки години за Ботевския манастир. Черквата е разбита и отново подложена на вандализъм и кражби. През този период обителта се посещава от няколко събрали кураж вярващи, предимно на празници, тайно и без много шум. Храмът е заключен и контролиран от бай Друми, който запазва и двете гръцки икони.
За манастира „Св. Марина“ идват добри времена след избора на Кирил за Варненски и Великопреславски митрополит в 1989 г. На следващата година, след настъпване на т.нар. „демократични промени“, на храмовия празник (17 юли) той води първата от много време Света литургия.
След като старият атеистичен режим на преследване на християните вече е минало и в черквата редовно се водят служби, единственото, което остава е да се обнови и облагороди материалната база на обителта.
В продължение на 10 години в храма служат свещеници от Варна, а от 2001 г. - архимандрит Серафим, които осигурява средства и охрана на мястото. Тогава измежду богомолците се появява христолюбивото семейство Петър и Бисерка Петрови от Варна, с чиито средства, не само се ремонтира църквата, но се изгражда и нова жилищна сграда, така че край лечебния извор се оформя красив манастирски комплекс. Възроденият манастир е тържествено осветен на 17 юли 2005 г. от Варненския и Великопреславски митрополит Кирил. Последният благославя и възобновяването на традиционния събор на Марин ден, както е известен сред ботевци.
Днес святото място, красиво обновено и облагородено, е със статут на действащ мъжки манастир. При целебния извор постоянно се стичат богомолци, много от които, с вяра в Бога и любов в душата, отпивайки от студената вода, получават избавление от страданията си, предимно от очни и душевни заболявания.
Архитектура и изкуство:
В архитектурно отношение Ботевският манастир „Св. Марина“ представлява комплекс от черква, жилищна сграда (корпус) и две чешми (стара и нова). В манастирския корпус са вместени четири стаи (за монаси и поклонници), столовата и кухнята в съвременен стил и обзавеждане и магерница. На лицевата страна на сградата е изградена обширна тераса във възрожденски стил.
Наред с възстановяването на черквата е обновен и нейният интериор, обогатен с нови икони. Четири икони - на : Света Марина, Света Богородица, Иисус Христос и Архангел Михаил, изработени от иконописеца Кольо Керджиков от гр. Добрич, са дарени от сем. Бисерка и Петър Петрови. Младите иконописци от Варна Катя и Младен Костадинови, даряват малка целувателна икона, на Света Марина, а Чавдар Добрев, също от Варна, дарява рисуваната от него икона на Св. Богородица.